一、概念区分：
国管公积金：国家机关住房资金管理中心(或直属机关分中心)管理即国管公积金。
国家机关及在京单位等国管单位的在职员工在职职工缴存的长期住房储金归纳为国管公积金，区别于市管公积金，国管公积金由国家机关住房资金管理中心负责管理，另外还包括**公积金(直属机关分中心缴存住房公积金)。
市管公积金：各市住房公积金中心管理即市管公积金。
地方省市单位、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位及其在职职工缴存的长期住房储金归纳为市管公积金。
二、缴存账号区分：
国管公积金：缴存账号是以“502”、“509”或“512”开头的;
市管公积金：以“身份证号码”开头，并且末尾加“00”。
三、使用范围区分：
国管公积金：可以跨地区使用，如铁路单位，是属于铁道部直管的，其单位职工的公积金是可以跨地区使用。
市管公积金：只能在本地或是在规定可异地贷款的城市使用。
四、准备证件区分：
两种都需要买卖双方提供身份证、户口本、结婚证等基本资料。除此之外国管公积金还需要准备单位开据的收入证明;市管公积金不用开据收入证明。
五、办理周期区分：
国管公积金：一般情况下办理时间45天到60天;
市管公积金：一般情况下办理时间30天到45天之间
法律依据
《住房公积金管理条例》第二条
本条例适用于中华人民共和国境内住房公积金的缴存、提取、使用、管理和监督。
本条例所称住房公积金，是指国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体（以下统称单位）及其在职职工缴存的长期住房储金。
